水文资源

地表水

木林子自然保护区所在区域大部分属长江流域澧水水系，东北部分属长江流域清江水系，区内主要河流有溇水河、咸盈河等。

溇水河是澧水最大支流，发源于保护区土地岭北坡黑湾，在鹤峰县朱家村流入湖南省桑植县境内，长128.6km，流域面积2394.35km²，落差1400m，河床平均比降11‰。据鹤峰县水文站实测，溇水河年径流总量为7.895×10⁸m³，年平均流量25m³/s，最大洪峰流量为1960m³/s，最枯流量0.84m³/s。溇水河在保护区境内长32km，主要是其上游河段，即源头到两河口段，河谷开展，平坝、台地沿河展布。咸盈河发源于鹤峰县境内芹草坪，在金鸡口出境，北至巴东县桃符口注入清江。咸盈河在鹤峰县境内流程31.3km，流域面积230.3km²，出口处流量9.6m³/s，年径流总量2.35×10⁸m³，落差1416m，沿岸地势险要，滩多流急。咸盈河在保护区境内长约14km。

地下水

区内石灰岩分布面积较大，暗河、泉流较多。暗河主要分布在溇水河各级支流河溪、流域中，高山岩溶地表径流渗入地下形成暗河，大都在低山一带又成暗泉涌出；泉流主要有白水沟泉流，枯水流量约0.3m³/s，具有流量稳定，四季不断，落差较大的特点。